Từ khi nhiễm trùng cơ hội được cho là nguyên nhân gây những căn bệnh nghiêm trọng, nhiều biện pháp mạnh mẽ đã được thực hiện để ngăn ngừa nhiễm trùng. Một chiến lược dự phòng có hiệu quả bao gồm việc phục hồi hệ thống miễn dịch của cơ thể càng sớm càng tốt, tránh tiếp xúc với các tác nhân gây bệnh và sử dụng thuốc kháng sinh ("thuốc phòng chống") nhằm chống lại những nhiễm trùng cụ thể.

Phục hồi hệ thống miễn dịch

• Ở những bệnh nhân nhiễm HIV, bắt đầu quản lý điều trị HIV/AIDS là đặc biệt quan trọng để khôi phục lại hệ thống miễn dịch và làm giảm tỷ lệ mắc các bệnh nhiễm trùng cơ hội [5][6]
• Ở những bệnh nhân hóa trị liệu, hoàn thành và thu hồi từ việc điều trị là phương pháp chính để phục hồi hệ thống miễn dịch. Trong một số bệnh nhân có nguy cơ cao, granulocyte colony stimulating factors (G-CSF) có thể được sử dụng để hỗ trợ phục hồi hệ thống miễn dịch

.[7][8]

Phòng tránh phơi nhiễm[9]

• Phân mèo nguồn gốc của Toxoplasma gondii, Bartonella spp.
• Ăn thịt hoặc trứng nấu chưa chín, các sản phẩm từ sữa chưa tiệt trùng hoặc nước trái cây nguồn tiềm năng của bệnh lao (cơ sở y tế có nguy cơ cao, vùng có tỷ lệ cao của bệnh lao, bệnh nhân lao được biết đến)
• Tiếp xúc với vật nuôi, đặc biệt là những con vật có tiêu chảy: nguồn gốc của Toxoplasma gondii, Cryptosporidium parvum
• Đất / bụi trong khu vực có histoplasmosis, coccidiomycosis
• Bò sát, gà, vịt: nguồn gốc của Salmonella spp.
• Quan hệ tình dục không an toàn với những người có bệnh lây truyền qua đường tình dục. Thực hành quan hệ tình dục an toàn.

Thuốc phòng ngừa

Cá nhân có nguy cơ cao thường được kê thuốc dự phòng để ngăn ngừa nhiễm trùng xảy ra. Mức độ rủi ro mà bệnh nhân có thể gặp phải do sự phát triển của một nhiễm trùng cơ hội được phát hiện bằng cách đếm tế bào CD4 của bệnh nhân và đôi khi cần đến các dấu hiệu nhạy cảm khác. Phương pháp điều trị dự phòng phổ biến bao gồm:

[10]